Водоемы, находящиеся в естественных условиях, характеризуются сбалансированностью биологических циклов производства и распада органических веществ. В таких условиях наблюдается гармоничное развитие береговой флоры и фауны.
Пруды, в отличие от природных водоемов, испытывают негативное антропогенное воздействие той или иной интенсивности. В особо тяжелых условиях находятся пруды, расположенные в городах. В условиях нарушенных естественных циклов у прудов наблюдается развитие различных форм эвтрофирования. При эвтрофировании нарушается баланс циклов продуцирования биомассы и ее утилизации. Основным результатом такого нарушения является бурный рост прибрежно-водной растительности. Отсюда видно, что прибрежно-водная флора (тростник, рогоз, камыш, ирис, роголистник, аир и др.), которая в других случаях является важным элементом поддержания процессов самоочищения прудов, в определенных условиях может играть и выраженную отрицательную роль.
Неограниченный рост береговой растительности, как правило, имеет чрезвычайно тяжелые последствия для водоема. Большой объем растений при их постепенном отмирании приводит к интенсификации накопления мертвых растительных остатков на дне. Процессы разложения отмершей биомассы сопровождаются интенсивным потреблением растворенного в воде кислорода — происходит нарушение кислородного баланса. Следует отметить, что водоемы, в отличие от водотоков, изначально характеризуются дефицитом содержания кислорода, что связано с ослабленными процессами перемешивания и аэрирования водных масс. При дефиците кислорода развиваются анаэробные процессы, конечным продуктом которых являются токсичные для экосистемы пруда продукты распада — сероводород и метан. Кроме того, большой объём растительности на водной поверхности вызывает повышенные потери воды на испарение.
В условиях усиленного роста прибрежно-водных растений важнейшей и наиболее эффективной мерой по сохранению экологического равновесия пруда является периодический выкос его берегов (со срезкой стеблей ниже зеркала воды). Выкосы особенно эффективны в весенний период. В случае, если выкосы на пруду не производились и в течение длительного времени происходило отложение растительных остатков на дно, необходимо выполнить удаление отмерших объемов биомассы.
Весьма эффективным методом ограничения разрастания водных растений является разведение в прудах травоядных видов рыб (фитофагов). Наибольшую эффективность в этом отношении показал белый амур, способный за сутки потреблять растения с весом, равным собственному. Расчетная плотность зарыбления составляет до 100 особей на гектар.
Помимо выкоса и зарыбления применяют распыление химикатов (гербицидов) или выжигание высохших растений. Однако оба эти метода вызывают существенное загрязнение воды и дна пруда — химическое и минеральное. По этой причине их практикуют в настоящее время достаточно редко.
Методы поддержания биологического баланса и предотвращения его зарастания должны быть рассмотрены еще на стадии проектирования пруда (нового или реконструируемого). Только в этом случае можно с самого начала предусмотреть инженерные решения и разработать правила эксплуатации, которые обеспечат надлежащее состояние водоема на длительный срок.